Morlaix se situe au nord du département du Finistère, au confluent de deux rivières, le Jarlot et le Queffleut (autre orthographe : Queffleuth), qui forment le Dossen ou rivière de Morlaix. L'estuaire de la rivière de Morlaix, séparant le Léon (à l'ouest) et le Trégor (à l'est), s'étend sur 15 kilomètres entre l'écluse et l'embouchure à Carantec. En raison de cette situation géographique, Morlaix fut victime d'importantes inondations (particulièrement en 1880, 1883, 1925, 1974 et 2000).
Morlaix est le siège de la Chambre de commerce et d'industrie de Morlaix. Elle gère l'Aéroport de Morlaix Ploujean, le Port de Morlaix (principalement dédié à la plaisance), le Port de Roscoff, la Criée de Roscoff. La CCI mène également un projet de reconversion urbaine de la Manufacture des tabacs de Morlaix, site industriel classé monument historique, qui accueille désormais du logement, de l'enseignement (IUT de Morlaix), de l'économie (hôtel d'entreprises), des services publics (Morlaix Communauté), des ateliers d'artistes.
